Le varie collezioni che entrano nel Museo vengono inventariate e catalogate nel catalogo generale con numerazione progressiva, ma conservano tutte le informazioni esistenti che consentono di ricostruirne i vari proprietari, per esempio la Collezione Spada, la Collezione De Amenzaga, la collezione cristalli, una collezione di cristalli ben formati che sono serviti in passato per studiare le relazioni angolari tra le varie facce, la collezione meteoriti, solo per citarne alcune, mentre con Collezione Antica Strüver indicò tutti i campioni antecedenti al suo arrivo di cui non riuscì a trovare riferimenti certi.